Na gymnáziu pracuje dějepisná předmětová komise, která se stará o praktickou realizaci výuky
(tvorba tematických plánů, výběr exkurzí, organizace předmětových soutěží apod.)

Výuka dějepisu na třeboňském gymnáziu probíhá ve všech ročnících s dotací dvou vyučovacích hodin týdně. Pro zájemce z maturitních ročníků je navíc určen seminář z dějepisu, v jehož rámci probíhají rovněž otevřené přednášky pro žáky z ostatních tříd a veřejnost. V rámci výuky se žáci seznámí s dějinami od pravěku až po konec 20. století. Vzhledem k významu jihočeského regionu pro českou historii jsou události z obecných dějin vsazovány do kontextu s lokálním prostředím. Nedílnou součástí výuky jsou rovněž specializované exkurze, které se u žáků tradičně těší velké oblibě.